لا شك أن الحوزات العلمية على مر التاريخ كانت هي المهد الطبيعي لتخريج من هم حلقة الوصل بين الأمة وبين وليها صاحب الأمر (عج) في زمان الغيبة، ولولاهم لاندرست معالم الدين. وفي كنف هذا النور تأسست حوزة الأطهار التخصصية في ١٥ شعبان ١٤٢٦ هـ . ق تيمناً بذكرى ولادة ولي الله الأعظم الإمام المهدي المنتظر (عج) تحت إشراف سماحة الشيخ حبيب الكاظمي (حفظه الله).

وقد درس فیها العشرات من الطلبة ورجعوا إلی بلادهم حتی یقوموا بخدمة الدین. 
وفي سنة 1443 انتقلت الحوزة إلی مبناها الجدید حیث یجاور حرم السیدة فاطمة بنت موسی بن جعفر علیها السلام في قم المقدسة. وفي هذا المبنی یتوفر سکن داخلي یمکن أن یضم 50 طالبا (تقریبا).